Првата маратонска трка на релацијата „Горица – Охрид“, во должина од 2,5 км, е одржана во 1954 г. Учествувале осмина пливачи, а победил Нико Нестор. Следните се одржани во 1956 и 1957 година, победници Дики Бојаџи и Ѓоко Чудов. Се натпреварувале и жени, а најдобри биле Снеже Групчева и Соња Думбалоска. Првиот вистински маратон се одржал во 1962 година на патеката Пештани – Струга – Охрид во должина од 36 км и победил Абу Хеиф од Египет, втор бил Вилјам де Вренг од Холандија, а трет Дики Бојаџи од Македонија. Во женска конкуренција победила Атина Бојаџи од Македонија, инаку сестра на Дики Бојаџи. Маратонот продолжил да се одржува до 1966 г. (со исклучок на 1963 г. поради Скопскиот земјотрес), a од 1992 г. се одржува секоја година на патеката „Климе Савин“. Од 1998 г. натпреварувањето е дел од програмата на Меѓународната пливачка федерација (ФИНА). Во 2008 г. маратонот е одбележан со голема прослава.
Натпреварувачот со најмногу победи кај мажите (11 од 20 учества е бугарскиот пливач Петар Стојчев, а кај жените 4-кратната победничка од кои 3 последователни победи – Едит ван Дајк од Холандија.
По традиција наградите на победниците им ги доделува претседателот на Република Македонија, кој воедно е и покровител на маратонот.
